蛋白酵素具有消炎作用，临床上采用胰蛋白酵素、胰凝乳蛋白酵素和菠萝蛋白酵素等治疗炎症和浮肿疾患，以清除坏死组织。作为消炎酵素的还有核算酵素、溶菌酵素等。链激酵素、尿激酵素和尿素酵素等也可属于消炎酵素。前两者可用于移去凝血块，治疗血栓静脉炎等；后者可用以分解尿酸，治疗关节炎。菠萝蛋白酵素是从菠萝汁中提取的一种蛋白水解酵素，是一种具有消炎及抗水肿作用的酵素。临床上可用作抗水肿与抗炎药；口服后能加强体内纤维蛋白的水解作用，将阻塞于组织的纤维蛋白与血凝块溶解，从而改善体液的局部循环导致的炎症和水肿；同抗生素与化疗药物并用，能促进药物对病灶的渗透和扩散。可用于各种原因所致的炎症、水肿、血肿和血栓等，如支气管哮喘、支气管炎、急性肺炎、产后乳房充血、乳腺炎和视网膜炎等；同抗菌药物合并治疗关节炎、关节周围炎和小腿溃疡等均有效。
溶菌酵素有抗病毒和抗细菌的能力。有抗菌、抗病毒、止血、消肿止痛和加快组织恢复功能等作用，临床用于治疗慢性鼻炎，急性性咽喉炎、口腔溃疡、水痘、带状疱疹和扁平疣等，也可与抗菌药物和用治疗各种细菌病毒感染。有人认为消炎类酵素直接作用于炎症时，刺激了纤维蛋白原、活性多肽等抗炎活性物质的产生；也有人说它提高了内源性抗蛋白酵素的活性，促使抗炎多肽的生成。临床上常用于外伤手术后，关节炎、副鼻窦炎等伴有水肿的炎症，能催化未硬化血纤维凝块溶解，增加组织渗透力，促进渗出液再吸收，达到抗水肿的目的。
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